MAHAD ALY AN-NUAIMY berdiri pada tahun 2004, oleh YAYASAN AN-NUAIMY di Kebayoran Lama, Jakarta Selatan, Jakarta, Indonesia. Program pertama MAHAD ALY AN-NUAIMY adalah pembekalan calon dai dan ulama muda dari berbagai wilayah Propinsi di Indonesi; selama dua tahun atau 4 semester. Setelah itu, alumni pembinaan diutus ke berbagai daerah untuk melakukan dakwah dan pengabdian kepada Bangsa dan Umat. Program ini diselenggarakan dengan izin operasional Pesantren dari Kantor Wilayah Kementerian Agama Propinsi  Jakarta, Nomor  KW.09.5/3/PP.00.7/3976/2006 tanggal 20 Maret 2007; dan Nomor Statistik 512317110094. Kemudian izin ini diperpanjang dan diberikan oleh Kantor Kementerian Agama Kota Jakarta Selatan, Nomor B-5296 Kk.09.01/3/PP.00.7/7/2017 tanggal 4 Juli 2017; dengan Nomor Statistik 510031745001. 

Kurikulum program pembinaan (pesantren) dai dan ulama disusun dari berbagai rumpun keilmuan dan keahlian dalam Islam, yaitu: Ushuluddin (AL-Quran, Hadits, berikut tafsir & syarahnya), Syariah (Fikih, Ushul Fikih dan Kaidah Fikih), Tarbiyah, Bahasa (Indonesia, Arab dan Inggris), Sejarah/Tarikh, serta Dakwah.        

Untuk menunjang pembinaan dan pengajaran dai dan ulama, pada tahun 2006 didirikan Perpustakaan "Nuaimy Library". Pengadaan buku menggunakan dana hibah dan wakaf luar negeri. Nuaimy Library periode ini sudah memiliki ratusan judul buku dalam berbagai rumpun keilimuan. Namun, mayoritas masih berbahasa Arab.     

Sejak tahun 2010, Nuaimy Library mulai ditambah dengan buku-buku bacaan atau referensi berbahasa Indonesia dan English; ketika Yayasan An-Nuaimy mengajukan pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Syariah (STIS) kepada Kementerian Agama RI. Namun, masih belum mendapatkan izin penyelenggaraan Sekolah Tinggi yang diinginkan. 

Kemudian Yayasan An-Nuaimy kembali mengajukan pendirian Sekolah Tinngi Agama Islam pada tahun 2020; dengan dua Program Studi: Prodi Menejemen Pendidikan Islam (MPI) & Prodi Hukum Ekonomi Syariah (HES). Namun, Kemenag melalui Direktorat Kelembagaan dan Pendidikan Tinggi Keagamaan Islam hanya memberikan izin operasional untuk satu Program Studi, yaitu Menejemen Pendidikan Islam (MPI); sehingga izin lembaga yang didirikan menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT).  Semenjak tahun 2020, Library Nuaimy kembali ditambah dan dilengkapi dengan buku-buku atau referensi terkait keilmuan bidang Tarbiyah dan Ekonomi Islam.    

Menjemen Library Nuaimy akan terus dipelihara dan dikembangkan; melalui program Wakaf Perpustakaan yang sudah dimulai oleh Yayasan An-Nuaimy sejak tahun 2015 lalu. Di antara bentuk pengembangan menejemen Library Nuaimy, adalah dengan membuat Sistem Menejemen Perpustakaan berbasis web-digital; agar bisa lebih membantu dan memudahkan para mahasiswa, dosen dan peneliti untuk melakukan studi dan penelitian.